Убедитесь что у флешки стоит флаг boot. Примонтируйте флешку. Допустим, адрес устройства флешки /dev/sdc1 и точка монтирования /media/Flash.

Выполните команду sudo grub-install --no-floppy --root-directory=/media/Flash /dev/sdc (не забудьте поменять в команде точку монтирования и путь к диску на свои).

Создайте каталог /media/Flash/boot/iso и поместите туда iso образ Kubuntu (можно также добавить образы с другими системами, если вы хотите сделать мультизагрузочную флешку).

Отредактируйте файл /media/Flash/boot/grub/grub.cfg (создайте его, если отсутствует), добавив туда следующие строки (не забудьте указать правильные пути к образам):

menuentry "KUbuntu Live 11.04 32bit" {
 loopback loop /boot/iso/kubuntu-11.04-desktop-i386.iso
 linux (loop)/casper/vmlinuz boot=casper iso-scan/filename=/boot/iso/kubuntu-11.04-desktop-i386.iso noeject noprompt -- 
 initrd (loop)/casper/initrd.lz
}

Смотрите также как создать персистентную флешку (возможность сохранять состояние системы).